(一)對(duì)人體的毒性累計(jì)作用
由于獸藥殘留濃度一般很低，加上人們食用數(shù)量有限，大多數(shù)藥物并不能由于殘留引起急性中毒，但少數(shù)藥物如鹽酸克倫特羅殘留可引起人急性中毒。人們長(zhǎng)期攝人含獸藥殘留的動(dòng)物性食品后，藥物不斷在體內(nèi)蓄積，不會(huì)被人體代謝掉，當(dāng)濃度達(dá)到一定量后就對(duì)人體產(chǎn)生毒性作用。
(二)引起人體的變態(tài)反應(yīng)
由動(dòng)物源產(chǎn)品中藥物殘留引起的變態(tài)反應(yīng)對(duì)人體健康的危害性越來(lái)越受到公眾的關(guān)注。當(dāng)這些抗菌藥物殘留于肉食品中進(jìn)入人體后，就使部分敏感人群致敏，產(chǎn)生抗體。致敏個(gè)體再接觸這些藥物或用于治療時(shí)，這些藥物就會(huì)與抗體結(jié)合產(chǎn)生抗原抗體復(fù)合物，發(fā)生變態(tài)反應(yīng)。在我國(guó)，因食用牛奶后出現(xiàn)皮膚過(guò)敏和蕁麻疹的病例屢見不鮮，這主要是由于治療奶牛乳腺炎時(shí)不遵守棄乳期規(guī)定，造成牛奶中藥物殘留引起的。
(三)致癌、致畸、致突變作用
許多國(guó)家規(guī)定,在人的食物中不允許含有任何量的已知致癌物。對(duì)曾用致癌物進(jìn)行治療或飼喂過(guò)的食品動(dòng)物，屠宰時(shí)其食用組織中不允許有致癌物的殘留。當(dāng)人們長(zhǎng)期食用藥物殘留的動(dòng)物性食品時(shí)，這些殘留物便會(huì)對(duì)人體產(chǎn)生危害，或在人體中蓄積，*終產(chǎn)生致癌、致畸、致突變作用。 
(四)對(duì)胃腸道菌群的不利影響
正常機(jī)體內(nèi)寄生著大量菌群，如果長(zhǎng)期與低劑量的抗菌藥物殘留接觸，就會(huì)抑制或殺滅敏感菌，耐藥菌或條件性致病菌大量繁殖，微生物平衡遭到破壞，使機(jī)體易發(fā)感染性疾病。
(五)對(duì)人體內(nèi)細(xì)菌耐藥性增加
近年來(lái)，由于抗菌藥物的廣泛使用,細(xì)菌耐藥性不斷增強(qiáng)，而且很多細(xì)菌由單藥耐藥發(fā)展到多重耐藥。抗菌藥物殘留于動(dòng)物性食品中，同樣使人也與藥物接觸，導(dǎo)致人體內(nèi)耐藥菌增加，給臨床診治疾病帶來(lái)困難。
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